隨著人們生活水平的不斷提高，食品安全問(wèn)題愈發(fā)受到重視，微生物對(duì)食品的污染問(wèn)題也隨之備受關(guān)注。微生物包括細(xì)菌、真菌等，有些微生物還是致病菌，對(duì)人體的危害很大，因此食品中微生物的檢測(cè)非常重要。

     微生物鑒定技術(shù)在檢驗(yàn)檢疫，食品、化妝品等產(chǎn)品致病菌的檢測(cè)，動(dòng)物源性致病菌的檢測(cè)，植物病原細(xì)菌、真菌的檢測(cè)等工作中起到非常關(guān)鍵的作用。

     速度快取代耗時(shí)長(zhǎng)

     目前，微生物鑒定技術(shù)的發(fā)展方向有兩個(gè)：速度快和分型能力強(qiáng)。速度快的微生物鑒定技術(shù)主要以飛行時(shí)間質(zhì)譜鑒定技術(shù)為典型代表，可以在數(shù)十秒內(nèi)實(shí)現(xiàn)微生物的鑒定；分型能力強(qiáng)的鑒定技術(shù)主要包括各種基于DNA的鑒定技術(shù)。

     微生物鑒定技術(shù)主要有形態(tài)學(xué)觀察、全自動(dòng)微生物生化鑒定系統(tǒng)和依據(jù)細(xì)胞物質(zhì)進(jìn)行微生物鑒定技術(shù)等方法。

     微生物的形態(tài)學(xué)觀察，主要依據(jù)微生物的形態(tài)和生理生化反應(yīng)等特征來(lái)進(jìn)行微生物的分類和鑒定。用微生物的形態(tài)特征來(lái)鑒定微生物是由于微生物的形態(tài)比較單一，容易分辨；用微生物的生理生化反應(yīng)特征來(lái)鑒定微生物主要是依據(jù)微生物細(xì)胞壁的組成、微生物發(fā)酵產(chǎn)物和微生物對(duì)碳源、氮源等養(yǎng)分的利用。

     但是，這種方法相對(duì)比較煩瑣、耗時(shí)，因此近年來(lái)被全自動(dòng)微生物生化鑒定系統(tǒng)逐步替代。

     全自動(dòng)微生物生化鑒定系統(tǒng)實(shí)際上是將多個(gè)生化反應(yīng)有效整合、濃縮于商業(yè)化的板卡上，方便實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行微生物的鑒定。該系統(tǒng)具有以下優(yōu)點(diǎn)：第一，生化反應(yīng)數(shù)量多，商業(yè)化的卡板最多可集合45~46種生化反應(yīng)；第二，實(shí)驗(yàn)操作標(biāo)準(zhǔn)化，節(jié)省大量人工；第三，鑒定速度快，一般3~4小時(shí)即可出鑒定結(jié)果。

     基于以上優(yōu)點(diǎn)，目前，全自動(dòng)微生物生化鑒定系統(tǒng)已經(jīng)作為實(shí)驗(yàn)室中微生物的日常鑒定手段。除此之外，全自動(dòng)微生物生化鑒定系統(tǒng)還具有細(xì)菌的MIC值測(cè)定和耐藥表型的檢測(cè)等作用。

     依據(jù)細(xì)胞物質(zhì)進(jìn)行微生物鑒定技術(shù)主要包括蛋白質(zhì)的檢測(cè)和DNA的檢測(cè)，是目前微生物鑒定技術(shù)的兩個(gè)發(fā)展方向。依據(jù)蛋白質(zhì)檢測(cè)的鑒定技術(shù)，具有鑒定速度快的特點(diǎn)，主要檢測(cè)儀器有飛行時(shí)間質(zhì)譜?；贒NA檢測(cè)的鑒定技術(shù)，對(duì)微生物的分型能力很強(qiáng)，該檢測(cè)技術(shù)主要有16S rDNA（核糖體DNA）測(cè)序技術(shù)、PFGE（脈沖場(chǎng)凝膠電泳，一種分離大分子DNA的方法）和全基因組測(cè)序技術(shù)等。

     在蛋白質(zhì)檢測(cè)方面，利用飛行時(shí)間質(zhì)譜進(jìn)行微生物鑒定的原理是通過(guò)質(zhì)譜獲得微生物特征蛋白質(zhì)分子的“指紋圖譜”，然后與大容量的數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行對(duì)比，最終實(shí)現(xiàn)菌落或者菌株水平上的鑒定。質(zhì)譜鑒定系統(tǒng)的優(yōu)勢(shì)主要體現(xiàn)在鑒定速度快，僅需十余秒即可完成。

     在DNA檢測(cè)技術(shù)方面，16S rDNA基因是細(xì)菌核糖體DNA的一部分，被稱為細(xì)菌的“活化石”，該基因進(jìn)化速度十分緩慢，具有生物鐘的特點(diǎn)，已經(jīng)作為細(xì)菌系統(tǒng)發(fā)育的目的基因，16S rDNA序列測(cè)定是科研領(lǐng)域細(xì)菌分類和鑒定的金標(biāo)準(zhǔn)。

     根據(jù)實(shí)際情況選擇合適的鑒定方法

     目前，常見的商業(yè)化測(cè)序系統(tǒng)有針對(duì)細(xì)菌16S rDNA中的500bp保守序列進(jìn)行測(cè)序、針對(duì)真菌的28S rDNA的D2基因區(qū)域進(jìn)行測(cè)序等。該方法獲得的數(shù)據(jù)有利于致病菌的溯源分析，但是操作過(guò)程具有一定的復(fù)雜度，耗時(shí)較長(zhǎng)。另外，基因測(cè)序儀和測(cè)序耗材試劑的價(jià)格較貴，因此不利于在應(yīng)用層面進(jìn)行推廣。

     脈沖場(chǎng)凝膠電泳（PFGE）是一種分離大分子DNA的方法。此種方法的原理是將細(xì)菌包埋于瓊脂塊中，用適當(dāng)?shù)膬?nèi)切酶在原位對(duì)整個(gè)細(xì)胞染色體進(jìn)行酶切，酶切片段在特定的電泳系統(tǒng)中通過(guò)電場(chǎng)方向的不斷交替變換和適合的脈沖時(shí)間等條件作用而得到良好分離的方法。

     PFGE的分型能力極強(qiáng)，可區(qū)分菌株水平的差異，目前被全世界各個(gè)國(guó)家普遍使用。通過(guò)PFGE分型可以對(duì)細(xì)菌性傳染病、食源性致病菌進(jìn)行監(jiān)測(cè)，同時(shí)可以進(jìn)行分子流行病學(xué)的調(diào)查，但是操作較為煩瑣，需要較高的實(shí)驗(yàn)技能方可掌握。

     全基因組測(cè)序技術(shù)可以對(duì)菌株進(jìn)行最為有效的分型，即使是16S差異不大的菌株，也可以通過(guò)分布在整個(gè)基因組上的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)進(jìn)行區(qū)分，是目前分型能力最為強(qiáng)大的技術(shù)之一。但全基因組測(cè)序用于微生物鑒定工作的主要障礙在于使用成本高和專業(yè)的數(shù)據(jù)分析。

     對(duì)于檢驗(yàn)檢疫工作來(lái)說(shuō)，需要根據(jù)實(shí)際情況選擇合適的微生物鑒定方法。同時(shí)，為了更快速、更準(zhǔn)確地確認(rèn)病原微生物，可能需要幾種鑒定方法聯(lián)合使用，例如可以先利用質(zhì)譜鑒定速度快的優(yōu)勢(shì)迅速判斷致病菌，然后再利用分子生物學(xué)的手段進(jìn)行分型和流行病學(xué)的調(diào)查。