受權(quán)威的伯杰氏國際系統(tǒng)微生物學學會期刊約稿，由我國著名細菌學研究專家、哈爾濱醫(yī)科大學劉樹林教授撰寫文章并首次提出了界定細菌物種的“3C”標準。有了這一“3C”標準，人們有望重新審視迄今人類已經(jīng)通過的既往標準確定或待定的細菌物種，其最直接的社會意義是指導(dǎo)臨床診斷和治療。

　　1684年，一位荷蘭眼鏡商人通過自制的顯微鏡，首次觀察到一些“微小動物”，這是人類歷史上第一次“看到”細菌。在過去的300多年里，人們相繼發(fā)現(xiàn)了上萬種細菌，這些細菌大多無致病性，只有少數(shù)能引起人類、動物或植物的疾病。由此，人們不禁要問，到底如何將細菌進行分類，把不同的細菌分成為種從而與其他的“種”（即分類學上的“物種”）區(qū)別開來呢？多少年來，無數(shù)的科學家試圖建立不同的方法學和利用不同的技術(shù)手段對細菌進行分類，并推出了一系列的標準，有些被人們沿用至今，然而這些方法學自身或多或少都存在著缺憾和不足之處。如上世紀70年代，人們通過全基因組DNA-DNA雜交，其DNA交換率達到70％以上則被認為是一個“種”，此方法直到今天依然被人們應(yīng)用。目前被科學界所認同的分類方法是16SrRNA的相似性97％以上，且DNA-DNA雜交重組率大于70％。

　　在多年的科研實踐中，劉樹林認為這一方法并不理想。他指出，16SrRNA的序列相似性及DNA重組率在細菌中并無明顯的界限，而70％和97％都是人為硬性界定的，缺少科學道理，且無法將細菌進行明確分類。因此，多年來他一直致力于細菌分類學方面的潛心探討，于前不久在國際上首次提出細菌分類學“3C”標準，即：1、同一物種的所有成員親緣關(guān)系密切；2、近緣但是不同物種之間有清晰的遺傳邊界；3、同一物種的所有成員具有共同的生物學特性，而這些特征性的生物學特性不見于任何其他物種。這3條標準的英文表述都是由英文字母C開頭，因而被命名為“3C”標準。

　　對此，劉樹林以沙門菌為例，對“3C”標準做出了解釋。一個多世紀以來，沙門菌一直作為重要的致病菌被學界廣泛研究。這些細菌可引起人和動物的致病，甚至導(dǎo)致死亡。然而，有關(guān)沙門菌的分類方法始終沒有定論。沙門菌中引起人類傷寒病的傷寒沙門菌和另一種只能引起胃腸炎的鼠傷寒沙門菌在目前的分類學來看，均被認為屬于腸炎沙門菌亞種。按“3C”標準衡量的話，劉教授則確認，傷寒沙門菌和鼠傷寒沙門菌并非“親哥倆”。他從脈沖場分析數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)，所有的傷寒沙門菌和鼠傷寒沙門菌之間其酶切結(jié)果明顯不同，而傷寒沙門菌或鼠傷寒沙門菌不同菌株之間卻非常相似。另一方面，從基因組測序的結(jié)果，同樣發(fā)現(xiàn)傷寒沙門菌和鼠傷寒沙門菌間有著很大的序列上的差異。最后，它們各自均有著不同的進化史、致病性、宿主范圍，以及基因組學特點。經(jīng)過實驗驗證，這兩種細菌之間DNA的交換頻率也非常低。由此斷定，傷寒沙門菌和鼠傷寒沙門菌不應(yīng)屬于同一個物種的細菌。

　　劉樹林評價，“細菌分類方法學的建立是一個漫長的過程，雖然我們總結(jié)前人經(jīng)驗，并結(jié)合我們團隊的發(fā)現(xiàn)在世界上首次提出此理論，同時得到同行們的高度關(guān)注和認同，并于今年受伯杰氏國際系統(tǒng)微生物學學會期刊特邀撰寫文章對‘3C’分類方法做出明確闡述，但這個標準仍需要我們進一步探索和繼續(xù)驗證，并在實踐中不斷完善”。