來自加州理工學(xué)院的研究人員聲稱他們成功的研發(fā)出了世界上最大的以DNA(脫氧核糖核酸)為基礎(chǔ)的計(jì)算電路。他們說利用該技術(shù)可以很容易地研發(fā)出更為復(fù)雜的DNA計(jì)算機(jī)。這種新技術(shù)的研究是由美國(guó)國(guó)家科學(xué)基金會(huì)資助的,這是向用標(biāo)準(zhǔn)信息處理技術(shù)來控制生物系統(tǒng)進(jìn)軍的重要一步?!?/p>
在不久的將來,DNA計(jì)算機(jī)可以執(zhí)行像當(dāng)今以硅為基礎(chǔ)的普通計(jì)算機(jī)所做的邏輯計(jì)算功能。但DNA計(jì)算機(jī)可以變得更小,更容易與人體等生物系統(tǒng)結(jié)合。例如,生物電路可以直接嵌入在細(xì)胞或組織內(nèi)以用來發(fā)現(xiàn)和治療疾病。
加州理工學(xué)院的研究人員Erik Winfree和Lulu Qian在6月3日的Science上發(fā)表他們的工作成果。一位杜克大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)教授John Reif認(rèn)為,雖然該論文基本上還屬于基礎(chǔ)技術(shù)層面,但他們采用的這種方法標(biāo)志著以DNA為基礎(chǔ)的計(jì)算機(jī)又取得了重要的進(jìn)展?!?/p>
雖然之前已經(jīng)有簡(jiǎn)單的DNA計(jì)算系統(tǒng),但是這個(gè)示范系統(tǒng)比迄今為止其它的原型都要復(fù)雜?!?/p>
研究人員組成了130個(gè)人工合成的DNA鏈,這些不同的DNA鏈可組建成邏輯電路。利用這些基本原材料,他們創(chuàng)造出了一個(gè)由74分子組成的四位電路,它可以完成1到15之間的開方計(jì)算?!?/p>
在他們的研究中,DNA的多層鏈被用來做成生物邏輯門,可以執(zhí)行基本的布爾運(yùn)算,例如AND(與)、OR(或),甚至可以執(zhí)行類似當(dāng)今晶體管計(jì)算機(jī)處理器執(zhí)行的NOR(異或)運(yùn)算。就像基于硅集成電路一樣,這些分子邏輯門可以產(chǎn)生二元變量:利用“打開”或“關(guān)閉”來表示信號(hào),并以此作為輸入的二進(jìn)制信號(hào)?!?/p>
該計(jì)算機(jī)利用DNA序列的結(jié)合和復(fù)制來進(jìn)行計(jì)算操作。一種解決方案是預(yù)先設(shè)計(jì)的DNA分子都沉浸在試管中,當(dāng)它們彼此接觸時(shí)可以結(jié)合并產(chǎn)生新的DNA分子,反過來可以連接到其它的DNA鏈,由此產(chǎn)生了邏輯鏈。研究人員還開發(fā)出了編譯器,它可以映射用戶操控DNA電路的邏輯運(yùn)算。
這項(xiàng)工作是繼2006年試驗(yàn)的延續(xù),當(dāng)時(shí)采用的DNA分子總數(shù)達(dá)到了12個(gè)。在此后的研究中,研究人員集中解決了讓使用過程中更簡(jiǎn)單、更可靠的問題,這些問題的解決也是DNA基礎(chǔ)系統(tǒng)實(shí)用化的前提。
John Reif認(rèn)為上述研究人員的研究成果具有許多優(yōu)點(diǎn),其中之一就是具有簡(jiǎn)單可行性:用來進(jìn)行DNA編碼所需的生化反應(yīng)是行之有效的,并且整個(gè)過程本身也是可擴(kuò)展的,這意味著它可以作為大型系統(tǒng)一個(gè)極為重要的基礎(chǔ)?!?/p>
John Reif也指出了一些不足之處,其中一個(gè)是計(jì)算速度:一個(gè)邏輯門的執(zhí)行時(shí)間在30到60分鐘之間,執(zhí)行一個(gè)4位數(shù)的平方根可能需要長(zhǎng)達(dá)10個(gè)小時(shí)?!?/p>
然而研究人員認(rèn)為,這種運(yùn)算速度慢的問題是可以克服的。Erik Winfree解釋說,如果允許提高濃度并且改進(jìn)分子成分就可以減少串?dāng)_和泄漏可能。上述假設(shè)如果確實(shí)有效的話運(yùn)算速度可加快10到100倍。