《自然一方法學(xué)》網(wǎng)絡(luò)版近日介紹了瑞典蘇黎世大學(xué)生命科學(xué)研究所邁克爾.恩加特納(Michael O Hengartner)研究組發(fā)明的一種大尺度鑒定miRNA靶點(diǎn)新方法。
在過(guò)去幾年中,隨著實(shí)驗(yàn)和計(jì)算方法的發(fā)展和完善,miRNA靶點(diǎn)的鑒定和預(yù)測(cè)研究取得很大進(jìn)展。然而,全面正確的鑒定miRNA的生物學(xué)相關(guān)靶點(diǎn)依然是個(gè)難點(diǎn)。恩加特納研究組發(fā)明了一種叫做“選擇性反應(yīng)監(jiān)測(cè)”(seleted reaction montitoring,SRM)的方法,該方法利用有針對(duì)性的質(zhì)譜技術(shù)實(shí)現(xiàn)了對(duì)miRNA靶點(diǎn)互作的大尺度蛋白組學(xué)分析,進(jìn)而對(duì)預(yù)測(cè)的靶點(diǎn)進(jìn)行驗(yàn)證。
恩加特納等人利用線(xiàn)蟲(chóng)let-7突變體及其野生型為實(shí)驗(yàn)材料。為了測(cè)定于let-7突變數(shù)量減少致的蛋白含量的下降,恩加特納等人對(duì)感興趣的let-7突變體和野生型的蛋白提取物進(jìn)行化學(xué)標(biāo)記,之后一套對(duì)照基因。結(jié)果發(fā)現(xiàn),161個(gè)蛋白中的29個(gè)蛋白的表達(dá)含量在突變體中發(fā)生變化,這可能是由于let-7基因和不同的靶點(diǎn)互作結(jié)果--該結(jié)果得到了獨(dú)立下游試驗(yàn)包括遺傳互作、多聚核糖分析和熒光霉素檢驗(yàn)的驗(yàn)證。
SRM技術(shù)可以作為一個(gè)驗(yàn)證工具來(lái)進(jìn)一步探索對(duì)于靶點(diǎn)的理解;此外,SRM也可能用來(lái)精細(xì)描述目標(biāo)蛋白質(zhì)組亞群,促進(jìn)miRNA生物功能模型的研究。